Viện Biển Đông chính thức được thành lập theo Quyết định số 29/2012/QĐ-TTg ngày 12/07/2012 của Thủ tướng Chính phủ (có hiệu lực từ ngày 01/09/2012). Tiền thân của Viện Biển Đông là Chương trình Nghiên cứu Biển Đông, sau này là Trung tâm Nghiên cứu Biển Đông (thành lập theo Quyết định số 635/QĐ-BNG ngày 14/12/2010 của Bộ trưởng Ngoại giao), thuộc Viện Nghiên cứu Chiến lược Ngoại giao, Học viện Ngoại giao.