Viện Biển Đông được thành lập theo Quyết định số 29/2012/QĐ-TTg ngày 12/07/2012 của Thủ tướng Chính phủ (có hiệu lực từ ngày 01/09/2012) như một đơn vị trực thuộc Học viện Ngoại giao.